یک زن جوان و فوق‌العاده زیبا از بدو تولد آموزش می‌بیند تا به ابزاری مرگبار برای انتقام از کلاهبردارانی تبدیل شود که خانواده‌اش را نابود کردند.

نقاط عطفی در تاریخ وجود دارند که نتیجه یک رویداد واحد در آن‌ها می‌تواند کل مسیر را تغییر دهد. در سال ۱۹۰۹، تلاش برای ترور یک فرماندار ژاپنی ناکام می‌ماند. اکنون در سال ۲۰۰۹، کره تنها یکی دیگر از ایالت‌های امپراتوری ژاپن است و سئول به یک شهر بزرگ ژاپنی تبدیل شده است. یک گروه مقاومت کره‌ای برای آزادی، استقلال و احیای تاریخ واقعی مبارزه می‌کند. دو پلیس، یکی ژاپنی و دیگری کره‌ای، درباره این گروه تحقیق می‌کنند.

ناکامورای ۱۴ ساله مورد آزار جنسی ناپدری‌اش قرار می‌گیرد. او دوستی خیالی خلق می‌کند که در مواقع نیاز مبرم، به نجاتش می‌آید.

یک دختر دبیرستانی یک سازمان رو به زوال یاکوزا را به ارث می‌برد که تلاش می‌کند تحت رهبری او، ثروت و قدرت از دست رفته خود را احیا کند.

یک سفر اکتشافی زیردریایی برای نجات بقایای مگاگودزیلا توسط دایناسور عظیمی به نام تیتانوسوروس خنثی می‌شود. تحقیقات اینترپل باعث می‌شود تا یک زیست‌شناس به نام ایچینوسه از کارهای دکتر مافونه و دختر مرموزش کاتسورا پرده بردارد. با هم‌پیمان شدن کاتسورا با بیگانگان سیاهچاله، زندگی او با این ماشین احیاشده گره می‌خورد.

یک پیشگویی در اوکیناوا که نابودی زمین را پیش‌بینی می‌کند، با ظهور دوباره گودزیلا و بازگشت او به ریشه‌های ویرانگرش به حقیقت می‌پیوندد. اما پس از اینکه گودزیلا فک متحد خود، آنگیروس را می‌شکند، مشخص می‌شود که همه چیز آن‌طور که به نظر می‌رسد نیست. اوضاع زمانی پیچیده‌تر می‌شود که گودزیلای دوم ظاهر می‌شود و فاش می‌کند که همزاد او در واقع یک سلاح مکانیکی است.